A prioridade do agendador não soluciona seu problema, ele é usado apenas para escolher qual processo usa a CPU primeiro quando há várias espera.
O IOwait é causado por processos que aguardam o IO concluir, no seu caso, os discos. Não tem nada a ver com a prioridade do processo, então mudá-lo não terá nenhum efeito. A solução é limitar as grandes transferências de arquivos, movê-las para outra hora quando a máquina estiver inativa ou atualizar os discos para que eles possam lidar melhor com a carga. Use iostat -xm 5 para monitorar a% de utilização de disco, se ultrapassar 80%, é uma má notícia.