Eu não usei appcmd
em anos, mas em Powershell você pode fazer isso:
Set-WebConfigurationProperty -pspath 'MACHINE/WEBROOT/APPHOST' -filter "system.applicationHost/sites/site[@name='Default Web Site']/application[@path='/']/virtualDirectory[@path='/']" -name "userName" -value "peter"
Set-WebConfigurationProperty -pspath 'MACHINE/WEBROOT/APPHOST' -filter "system.applicationHost/sites/site[@name='Default Web Site']/application[@path='/']/virtualDirectory[@path='/']" -name "password" -value "aStrongPassword"
Set-WebConfigurationProperty -pspath 'MACHINE/WEBROOT/APPHOST' -filter "system.applicationHost/sites/site[@name='Default Web Site']/application[@path='/']/virtualDirectory[@path='/']" -name "logonMethod" -value "ClearText"
basta definir os três atributos necessários, a senha será armazenada criptografada, geralmente no arquivo applicationhost.config.