Eu diria que isso depende. Se cada usuário tivesse seu próprio site privado, você poderia colocar esses itens em / home / user / public_html , mas se o site não fosse pessoal assim, eu os colocaria em um estrutura de pastas como você deu, com elas em / sites / domain / subdomain / .
Ter todos os sites em um único diretório torna mais fácil dar permissões, fazer backups, possivelmente colocá-los em um disco diferente (ponto de montagem), etc.