Eu tive o mesmo problema. Instalando o pacote php5.6-dev e ajustando os binários php padrão como descrito em link para mim:
apt-get install php5.6-dev
update-alternatives --set php /usr/bin/php5.6
update-alternatives --set php-config /usr/bin/php-config5.6
update-alternatives --set phpize /usr/bin/phpize5.6
Em seguida, funcionará como esperado:
pecl channel-update pecl.php.net
Updating channel "pecl.php.net"
Update of Channel "pecl.php.net" succeeded