Primeiro, você pode tentar reinstalá-lo no Centro de Software.
Se isso não funcionar, verifique /usr/share/applications/gtkpod.desktop que deve ficar assim:
[Desktop Entry]
Name=gtkpod iPod Manager
GenericName=iPod Manager
Comment=Manage music and video on an Apple iPod
Exec=gtkpod
Icon=gtkpod
Terminal=false
Type=Application
Categories=GTK;AudioVideo;
Se o arquivo corresponder a este, verifique se você tem o ícone do gtkpod no tema de ícones /usr/share/icons/ deve estar em aplicativos ou dispositivos.
Além disso, se você tiver um .desktop personalizado para o gtkpod em ~/.local/share/applications/ , você poderá renomear o arquivo foo-bar.old para que o arquivo original funcione corretamente.
Depois de fazer tudo acima, basta fazer logout e voltar para reiniciar a unidade.