No momento, se você planeja usar o Azure Stack, precisará replicar no nível do Windows com itens como a Réplica de Armazenamento. AlwaysOn AGs é outra opção viável para o nível de banco de dados.
No futuro, quando o Azure Site Recovery estiver disponível no Azure Stack, você poderá usá-lo para o failover no nível da VM do Azure para o Stack.