Você pode encontrar instruções para configurar o Route53 para instâncias do EC2 aqui: Roteamento para o EC2
Como os dois aplicativos são executados em portas diferentes, você pode simplesmente usar o mesmo registro ou ter dois apontando para a mesma instância.
Se, no entanto, você quiser que ambos estejam na mesma porta - por exemplo, ambos na porta 80 - você também pode anexar uma segunda ENI e mapear os aplicativos para uma interface específica: Usando ENIs
Ou você pode instalar algum tipo de proxy na instância para lidar com o roteamento de aplicativos. Por exemplo, NGINX: NGINX
Um bom exemplo aqui: tutorial de hosts virtuais do NGINX
Além de muitas outras opções. Depende um pouco do que você está tentando alcançar.