Não está claro se você quer dizer a pasta /var/www/html/Downloads/
e todas as subpastas de /home/Download/
OU a pasta /var/www/html/Downloads/
e todas as suas subpastas.
/var/www/html/Downloads/
e todas as suas subpastas:
<Directory /var/www/html/Downloads/>
Options +Indexes
IndexOrderDefault Descending Date
</Directory>
<DirectoryMatch "^/var/www/html/Downloads/(.+)/">
Options +Indexes
IndexOrderDefault Ascending Name
</DirectoryMatch>
Se não houver erro de ortografia em /home/Download/
, tente:
<Directory /home/Download/*/>
Options +Indexes
IndexOrderDefault Ascending Name
</Directory>