A instância do AppIndicator deve ser iniciada a partir de um usuário não privilegiado, como o atual logado na área de trabalho. Isso é necessário para que a comunicação do D-Bus seja usada entre o appindicator e o painel para funcionar.
Você provavelmente deve executar seu programa como um usuário normal e usar o gksudo apenas nas partes que requerem acesso root.