No Gnome 3, o nautilus ainda será usado para manipular a área de trabalho, ou será algum componente do Gnome Shell ou algo do tipo? Se alguém decidir não usar o Gnome Shell, como a área de trabalho será exibida?
O Desktop ainda é tratado pelo Nautilus. No Ubuntu 11.10, os ícones da área de trabalho ainda são exibidos por padrão. Se você instalar e entrar no GNOME-Shell, você terá uma Área de Trabalho em branco por padrão (somente enquanto estiver no GNOME Shell).
Pelo que entendi, o gerenciamento de desktop do Ubuntu 11.10 é feito pela Unity, essa é a interface. Se alguém decidir não usar o Unity, há uma versão 2D do Unity, semelhante ao modo de fallback do Gnome 3 / Fedora.