Esse é o comportamento esperado. Se você iniciar um aplicativo e ele ocupar 75% ou mais da tela, ele será automaticamente aberto e maximizado.
Você pode alterar esse valor de maximização automática com o Gerenciador de Configurações do CompizConfig (comando ccsm do pacote compizconfig-settings-manager ) nas opções do Plug-in do Unity do Ubuntu :
Se você definir como 100, o Unity não alterará nada. Se você definir como 0, ele tentará iniciar todas as janelas maximizadas.