Efetuar login a partir do terminal, por padrão, tenta efetuar login na máquina remota com seu nome de usuário na máquina local. No Nautilus, você precisa digitar explicitamente seu nome de usuário na máquina remota. Eu estou supondo que seus nomes de usuários locais e remotos não coincidem.
Use ssh user@server
para fazer login com um nome de usuário diferente.