A Yum tem um chaveiro GPG para repos compatíveis com a assinatura de metadados GPG. No meu sistema, os caminhos relevantes para este repositório em particular eram:
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/var/lib/yum/repos/x86_64/7/artifactory/gpgdir
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/var/lib/yum/repos/x86_64/7/artifactory/gpgdir-ro
Consegui excluir as chaves GPG desses keyrings:
sudo gpg --homedir /var/lib/yum/repos/x86_64/7/artifactory/gpgdir --delete-key 12345678
sudo gpg --homedir /var/lib/yum/repos/x86_64/7/artifactory/gpgdir-ro --delete-key 12345678
A execução de sudo yum check-update
nesse ponto ainda não solicitou a aceitação da chave. Corri sudo yum clean metadata
e depois disso sudo yum check-update
me avisou para aceitar a chave GPG.
Eu achei a página do PackageCloud em teclas YUM GPG úteis para chegar a essa solução.