... to avoid searches of the server_name variable www in others blocks of virtual host files
O nome do arquivo é (quase) irrelevante para o servidor httpd. Quando o sistema inicia, o conteúdo dos arquivos conf é lido e armazenado em cache na memória. Todas as pesquisas são realizadas contra esse cache na velocidade da memória.
... so should by my nginx virtual host file named as www.example.com and not example.com
Use o que fizer mais sentido para você. Pessoalmente eu uso o nome principal para nomear os arquivos conf.