Parece que o contêiner atômico herda a assinatura do host, conforme explicado em um comentário aqui: link
Eu testei o microdnf em execução no contêiner em um host RHEL sem assinaturas anexadas e recebo:
(process:5): librhsm-WARNING **: Found 0 entitlement certificates
Após registrar o host e anexá-lo a uma assinatura válida, o contêiner atomic-rhel não retorna mais o aviso.