Infelizmente, o Windows VPN Client não é capaz de alterar a porta TCP de destino da conexão VPN.
Eu recomendaria que você configurasse um segundo endereço IP em sua caixa CentOS e designasse diferentes instâncias xl2tpd para diferentes endereços IP em vez de portas. Dessa forma, você pode configurar seus clientes baseados no Windows para se conectarem a um ou outro endereço IP do servidor VPN, dependendo do tipo de autenticação necessário.