Não há uma boa maneira de fazer isso. Isso me atormenta também, mas me acostumei a apertar os dois botões do mouse para obter o clique do meio. Um bug também foi relatado.
Isso vem acontecendo há algum tempo. Existem algumas soluções alternativas, como fazer um script executar o seguinte na inicialização:
synclient TapButton2=2; synclient TapButton3=3;
Mas quando você sair da suspensão ou hibernar, o problema voltará e você terá que executá-lo manualmente.
Portanto, uma resposta curta, é um problema sem uma boa resolução, mas você pode contorná-la de forma insatisfatória.