Não sei qual é o seu orçamento, mas em um trabalho anterior usei o EMC Networker combinado com um Data Domain. Conseguiu fazer backup do windows vms (no vcenter) usando o plugin de domínio de dados (não lembro o nome), backups completos a cada 6 horas por muito mais de 8 vms (provavelmente perto de 100) e quase 99% de desduplicação de como todos os vms eram semelhantes. Isso nos permitiu armazenar 1,2 pb em menos de 15 tb de armazenamento. Como todos estavam completos, eles poderiam ser restaurados rapidamente, e os backups do Windows permitem restaurações de arquivos individuais, mesmo através da VM. Na verdade, com o domínio de dados, você poderia gerar um vm direto do backup, se necessário, para uma restauração quase instantânea.
Isso pode estar fora do seu orçamento, acho que a licença para o networker era bem cara.