Foi assim que resolvi:
Adicionadas as linhas a seguir a /etc/phpmyadmin/config.inc.php ( $cfg['Servers'][$i]['savedsearches'] = 'pma__savedsearches'; , mas talvez não importe onde em config.inc.php ):
$cfg['Servers'][$i]['central_columns'] = 'pma__central_columns';
$cfg['Servers'][$i]['designer_settings'] = 'pma__designer_settings';
$cfg['Servers'][$i]['export_templates'] = 'pma__export_templates';
Em seguida, criei um arquivo chamado import.sql com o conteúdo daqui: link
Então, eu reboot ed e pronto!
Os erros não aparecem mais!