Esta é a implementação mais limitada
- Permissões de compartilhamento: "Usuários autenticados", completo
- Pasta raiz: Desativar herança, "Usuários autenticados": Atravessar pasta / executar arquivo
- Pasta Um: Desativar herança, Grupo1: COMPLETO
- Pasta Dois: Desativar herança, Grupo2: COMPLETO
Ninguém poderá ver o compartilhamento, mas poderá acessar diretamente seus compartilhamentos.
GRUPO 1:
PS C:\WINDOWS\system32> dir \SERVER\share
dir : Access is denied
PS C:\WINDOWS\system32> dir \SERVER\share\one
d----- 10/30/2017 11:24 AM folder
PS C:\WINDOWS\system32> dir \SERVER\share\two
dir : Access is denied
GRUPO 2:
PS C:\WINDOWS\system32> dir \SERVER\share
dir : Access is denied
PS C:\WINDOWS\system32> dir \SERVER\share\one
dir : Access is denied
PS C:\WINDOWS\system32> dir \SERVER\share\two
d----- 10/30/2017 11:25 AM folder
Editado: reescreveu a resposta para fornecer a solução mais segura.