Você não precisa ter um usuário conectado para que nenhum desses serviços continue em execução. Eles devem todos iniciar automaticamente quando o servidor inicializar. Se você entrar no nó Serviços no Gerenciamento do Computador ou no snap-in Serviços do MMC, verá os serviços listados com um tipo de inicialização "Automático". Isso significa que eles são executados quando o servidor inicializa.
Você deve ter certeza de que tudo está configurado corretamente e o servidor tem pelo menos um endereço IP estático antes de reinicializar.