É possível que alguns pacotes tenham sido instalados, mas os antigos ainda não foram removidos e a 'transação' não foi concluída, portanto você está em um estado estranho em que package1 é muito antigo para suportar o package2.
Eu tinha algo parecido, mas apenas em um pacote. Apenas me disse que systemd conflicts with dracut-033-502.el7
( yum check
também relatou muitos pacotes duplicados).
Para resolver isso, verifiquei as versões do dracut:
rpm -vqa | grep dracut
... e, em seguida, fez o downgrade para a versão anterior, removendo a versão mais alta. Isso livrou-se do pacote conflitante. Daí em diante:
package-cleanup --dupes
... livrou-se das duplicatas e, finalmente, uma:
yum update
... para atualizar tudo e corrigir todos os erros.