em vez de definir root /home/wwwroot/www.myurl.com/pub; use root /home/wwwroot/www.myurl.com/; e, em seguida, criar um local com a tentativa em pub dir, como este
location / {
try_files /pub/$uri $uri;
}
Isso está dizendo para procurar o $ uri primeiro no diretório pub , se ele não existir, tente no diretório root