O que você provavelmente poderia fazer é fazer com que o script de dados do usuário escreva um arquivo que signifique que ele está completo (no final do script), e faça com que o outro serviço seja iniciado em algum lugar perto do final, por exemplo o arquivo. Quando perceber que o arquivo está sendo criado (ou o registro de data e hora que está sendo atualizado ou o conteúdo alterado, o que for), inicie o restante do serviço e saia normalmente.