Você pode ativar o dbus. Então apenas execute:
dbus-send \
--print-reply \
--type=method_call \
--dest=org.freedesktop.compiz \
/org/freedesktop/compiz/annotate/screen0/stroke_color \
org.freedesktop.compiz.set \
string:"#00ffffff" #<-- new color
- A cor vermelha é
#ff0000ff
- A cor azul é
#0000ffff