Cópia simples para o repositório não é suficiente. Você tem que recriar repodata. Se é RHEL / CentOS você pode usar:
createrepo -d <path to your YUM repo>
se é repo do sistema, você pode ter que adicionar -g comps.xml, caso contrário a instalação do PXE falhará:
createrepo -d -g comps.xml <path to your YUM repo>