Você tentou ativar o Rear, o Center e o LFE usando o volume avançado ou o alsamixer?
No Ubuntu, os únicos aplicativos que eu sei usar os canais 5.1 são:
Alsa - driver - precisa ser ativado
O Amarok - precisa ser configurado (em opções gráficas)
Pulseaudio - mixer - precisa ser configurado (edite um arquivo de texto na raiz)
Totem - precisa ser configurado - (em opções gráficas)
teste de alto-falante - perfeito
O Alsa é configurado automaticamente para canais 5.1 - teste isso com (após ativar o som):
speaker-test -Dplug: surround51 -c6 -l2
onde "-c6" significa seis canais, e "-l2" significa executar o teste duas vezes.
Para testar o pulseaudio, abra o Totem ou o Amarok configurado para reproduzir um arquivo DTS e abrir:
pavimentador
Assista e veja se os sons são distintos em todos os canais.