Sim, você pode. A ideia dos repositórios de pacotes é que você pode ter várias fontes. Para ter certeza, você pode simular a atualização, você pode obter uma lista de todas as mudanças, olhar através de 'Atualizado' e 'Removido' - se o seu pacote não está lá, você está bem.
apt-get --dry-run dist-upgrade
Se você quiser ter certeza, pode colocar o pacote em espera, o que o impedirá de mudar:
apt-mark hold <package-name>
Finalmente: espero que você esteja testando isso em um servidor dev / uat antes de lançar a produção. Se você fizer isso, e se quebrar no dev, ninguém vai se importar, não há risco. Se você não tem uma caixa de desenvolvimento, vá comprar um micro barato, um pi de framboesa serve, configure-o como seu ambiente de produção e faça a atualização, esse é o seu melhor teste.