Isso se deu porque meu sistema estava executando irqbalance , o que substitui as configurações que eu estava fazendo. Desativar irqbalance fez com que minhas configurações continuassem em vigor.
Estou configurando a máscara smp_affinity em meus dois IRQs NIC (100 e 101) para um núcleo de cpu específico - echo 0002 > smp_affinity - mas o novo valor permanece por alguns segundos e começa aleatoriamente a percorrer todos os núcleos cpu novamente. Existe outro cenário que eu estou perdendo?