Se você estiver falando sobre a restauração de arquivos e pastas, certifique-se de restaurá-los para o recém-criado servidor Server 2012 R2, mas não poderá restaurar o estado do sistema. Por que você não faz um upgrade no lugar?
Volte tudo para o caso de as coisas darem errado. Se você fizer um upgrade no local, todas as configurações, bem como os aplicativos, arquivos e pastas, serão mantidos intactos.