Eu tive o mesmo problema que o seu depois de mudar para o php-fpm e resolvi usando o 'cookie' auth_type no phpMyAdmin config.inc.php em / etc / phpMyAdmin.
Meu melhor palpite por que não estava funcionando em http auth_type é porque a autenticação htpasswd está de alguma forma vinculada ao usuário do apache e desde quando estamos executando php com php-fpm o usuário não é apache mas php-fpm.