Você está usando a integração do AD Office365 ou o Active Directory do Azure? Eu diria que o GSuite é uma integração.
Parece que você está no caminho certo para dividir o processo de migração em dois ou mais estágios. Felizmente, o Active Directory, Office365 e GSuite podem ser configurados para serem independentes uns dos outros. Eu definitivamente migraria apenas um sistema de usuários por vez. Por exemplo, se o Office365 for o objetivo final, talvez obtenha todos os usuários do GSuite usando o Office365 Mail primeiro. Do que proceder para obter os registros de domínios de email mesclados e endireitados. Eu faria o Active Directory nos computadores por último se ele pudesse continuar funcionando como está.