Executar a ferramenta virsh requer privilégios de root e é isso que você está fazendo ao executá-la diretamente do shell.
No entanto, ele é executado como nagios user quando executado via daemon NRPE. Para corrigir isso, você precisa adicionar sudo à definição de comando em nrpe.cfg :
command[check_kvm]=sudo /usr/local/nagios/libexec/check_kvm
E adicione o usuário nagios ao arquivo sudoers para permitir a execução deste comando / script sem pedir uma senha:
nagios ALL = NOPASSWD: /usr/local/nagios/libexec/check_kvm