Tudo bem, encontrei o problema. Agora funciona como um encanto!
Acontece que, quando em um contêiner, o executável mongodrdl precisa da opção --addr a ser definida com o nome do host do contêiner como o nome do contêiner (não funciona com localhost ou 127.0.0.1) Assim:
/usr/local/bin/mongosqld --addr mongo-bi-connector:3307 --schema schema.drdl --mongo-uri $MONGO_URI
Publiquei minhas fontes no github e uma imagem do docker no hub do docker.
Também adicionei suporte de autenticação
Lembre-se de que isso inclui conteúdo licenciado e exige uma licença corporativa do Mongodb.
De nada!