Aqui está um diff higienizado da configuração padrão do Debian 8 NTP em sua configuração (excluindo comentários):
0a1
> tinker panic 0
1a3
> statsdir /var/log/ntpstats/
6,9c8,11
< server 0.debian.pool.ntp.org iburst
< server 1.debian.pool.ntp.org iburst
< server 2.debian.pool.ntp.org iburst
< server 3.debian.pool.ntp.org iburst
---
> server 0.pool.ntp.org
> server 1.pool.ntp.org
> server 2.pool.ntp.org
> server 3.pool.ntp.org
11a14,17
> restrict 192.168.11.0 mask 255.255.255.0 nomodify notrap
> restrict 192.168.10.0 mask 255.255.255.0 nomodify notrap
> restrict 192.168.255.0 mask 255.255.255.0 nomodify notrap
> restrict 10.0.0.0 mask 255.0.0.0 nomodify notrap
13d18
< restrict ::1
Nenhuma dessas alterações provavelmente causou problemas com a conectividade upstream. Quando eu coloco sua configuração no lugar em uma VM, isso resulta em uma configuração de trabalho (embora eu recomende manter as linhas de servidor padrão no lugar em vez de suas substituições).
Portanto, parece que o que está causando o seu problema é externo a essa máquina em particular. Algumas sugestões para restringir o problema:
Confirme se o DNS resolve os nomes dos servidores NTP corretamente (ou seja, não resolve o servidor):
host 0.pool.ntp.org
grep 0.pool.ntp.org /etc/hosts
Estas substituições são a causa mais provável do seu problema, já que parece não haver mais nada em sua configuração, o que faria com que seu sistema usasse 10.1.100.11 como um servidor NTP.
Verifique se você tem conectividade com o pool NTP com ntpdate ou sntp:
ntpdate -d 0.pool.ntp.org
sntp 0.pool.ntp.org
Ou reinicie o ntp enquanto procura por pacotes com tcpdump, tshark ou wireshark:
tshark -i eth0 -n -f 'udp port 123' &
service ntp restart
Se algum desses falhar, ou se você ver seus pedidos saindo sem respostas, provavelmente há um firewall em algum lugar bloqueando suas solicitações.
Se você precisar de mais ajuda para rastreá-lo, poste a saída de:
tail /var/log/ntpstats/peerstats