Não há solução alternativa aqui. Você precisará reiniciar.
Tudo no InnoDB é feito em uma transação. Às vezes, é implícito (quando a confirmação automática é ativada, cada instrução executada - tecnicamente - inicia e confirma sua própria transação), mas ainda é uma transação no sentido relevante.
O redo log é um componente crítico e só pode ser redimensionado com um reinício.