Eu não testei, mas no Windows 8 e acima você pode criar e enviar um script do PowerShell que seria assim:
Get-Printer | Set-PrintConfiguration -DuplexingMode TwoSidedLongEdge
No Windows 7, Get-Printer não está definido, mas você pode ignorar o problema de executar uma linha como esta no powershell para substituir o get-printer:
Get-WMIObject -Class Win32_Printer | Select
Name,DriverName,PortName,Shared,ShareName | ft -auto