9p é o problema. Executando a duplicidade no host da VM, onde os dados estão localizados, isso foi feito em 55 segundos .
Esse bug aparentemente ainda está aberto, o que fala sobre o mesmo desempenho problemas. Sugere adicionar msize = 262144 às opções de montagem, o que acelera o acesso um pouco, mas ainda está longe de ser tão tão rápido quanto o acesso direto.
Então, concluindo, não use 9p over virtio e espere alta velocidade de acesso aos arquivos. No meu caso, o aplicativo que acessa esses arquivos em 9p não é muito afetado, mas outros (como duplicidade) são.