O que você está vendo é um comportamento normal. O nome do ImageFile instalado realmente mudou, de "ESXi-6.0.0-20160302001-standard" para "(Atualizado) ESXi-6.0.0-20160302001-standard". Isso é esperado quando você usa o comando "esxcli software profile update". Se fosse "(Atualizado) ..." antes, então ele não mudaria nada.
No entanto, na tag "Descrição" do perfil da imagem instalado, você vê o histórico completo das alterações feitas no sistema, por exemplo, com a última atualização bem-sucedida em "2016-10-23T15: 40: 41.852191 + 00: 00".
Somente se você reinstalar o ESXi com um ImageFile (no VMware Online Depot ou em um Bundle off-line), o Imageprofile instalado terá o nome daquele que foi realmente usado para a instalação.