Eu tive o mesmo problema e resolvi da seguinte forma:
Instale gnome-tweak-tool
com apt-get install gnome-tweak-tool
.
Você pode iniciar o programa gráfico a partir do prompt de comando com gnome-tweak-tool
. Existe uma configuração avançada > Seção de fontes, que permitirá alterar o tamanho da fonte.
Boa sorte!