A principal vantagem do uso de pacotes oficiais de distribuição é que alguém confiou o pacote em si - essa é uma camada adicional de segurança e confiança. Se você puder, fique com o que seu repositório (oficial) fornece.
Se o seu repositório não fornecer um pacote certbot
(ou seja: versão antiga do Ubuntu / RHEL), você não teve escolha para usar o que o LetsEncrypt fornece - ou seja, o script certbot-auto
. Neste caso, a principal desvantagem é a perda da segurança garantida por um repositório oficial de distribuição específica.