Desculpe responder minha própria pergunta, mas acho que resolvi isso.
Eu estou despejando os bancos de dados mysql todas as noites, e estes estão ocupando atualmente os 15GB mágicos em termos de espaço em disco. Eu acho que esses arquivos são diferentes em uma base diária, e então o rsnapshot faz o backup da diferença como deveria.
Como estou mantendo 7 backups diários e 4 semanais desse conjunto de dados específico, isso infelizmente adiciona 180 GB extras no geral!