Para responder às suas perguntas (mas se eu fosse você, não faria essas tarefas sem um arquiteto do MS Exchange em seu projeto).
1º ponto: Se você entrar em um servidor MS Exchange em um ActiveDirectory existente em que nenhum servidor MS Exchange foi instalado, será necessário executar um processo chamado " Atualização do esquema ". Isso ajustará todo o esquema do AD e adicionará campos adicionais necessários para executar um servidor Exchange. Se eles já têm um Exchange Server (por exemplo, 2010) e você deseja instalar o Exchange 2016, você precisa atualize o esquema por meio da instalação do Exchange 2016 .
A propósito, se o esquema do AD também for muito antigo porque eles estão usando o Windows NT (o que eu realmente espero que não, mas essas coisas acontecem às vezes) você precisa primeiro atualizar o esquema normal do AD antes de prepará-lo para o Exchange . O Exchange 2016 exigia que o nível funcional de sua floresta fosse no mínimo o Windows Server 2008 e que o mestre de esquema estivesse executando o Windows Server 2008 ou posterior como escrito aqui .
Certifique-se também de ter um backup do AD se algo quebrar durante esse processo !
Segundo ponto: você pode configurar um domínio diferente / próprio apenas para o servidor Exchange e, em seguida, criar algumas relações de confiança entre os domínios. Mas essa configuração levaria algum trabalho adicional e também exigiria alguém que administrasse o segundo domínio!