Depende do seu aplicativo que você está executando e se beneficiará dos recursos apresentados ao virtualizar seu host atômico subjacente.
A migração ao vivo no Docker é muito mais complicada do que a migração ao vivo de um host atômico inteiro que é em si uma VM (migração ao vivo via KVM ou vMotion, por exemplo). Máquinas virtuais são mais fáceis de implantar do que máquinas físicas e são mais fáceis de delegar conexões de rede. Também é muito mais fácil criar demarcação de responsabilidade dentro de uma organização ao usar VMs. Por exemplo, a equipe de infraestrutura pode acabar com sua responsabilidade no nível do hipervisor, enquanto a equipe de operações assume essa responsabilidade no nível de convidado. O mesmo se aplica às ferramentas de implantação e ao gerenciamento de configuração.
No entanto, se o aplicativo exigir desempenho superior a esses benefícios (ou se esses benefícios não tiverem relação com o seu aplicativo), as implementações do baremetal ajudarão dessa maneira para você e, de qualquer maneira, colocará tudo isso no modo bare-metal. Com toda a probabilidade, o que quer que você esteja fazendo precisa ser continuamente reproduzível, então tenha cuidado com as configurações de "floco de neve especial".