Pode depender de qual repositório você usa e pacotes estão disponíveis. Como observado no meu comentário, quando você executa o phpinfo (); dentro de um script php e carregá-lo do seu navegador, você verá que o mod_php não está carregando a extensão gnupg.
Nos meus servidores CentOS, usamos o Remi repos para PHP. Ele tem um pacote chamado php-pecl-gnupg. Quando eu o instalo, ele instala os objetos compartilhados necessários para o mod_php e posso confirmar que ele está disponível para o meu código da web.
Então nós vimos que a linha de comando php e mod_php no apache não carregam as mesmas configurações, então fazer php --info
não necessariamente mostra com o que o mod_php no Apache está configurado. Procure em seu arquivo phpinfo () e veja de qual arquivo de configuração ele está lendo (mostrado nas primeiras linhas). Em seguida, verifique se você tem extension=gnupg.so
nesse arquivo de configuração e verifique se está procurando no mesmo diretório da extensão.