sudo make uninstall
Ele remove o software de criação / instalação manualmente, ele precisa ser executado na mesma pasta em que foi originalmente criado. Outra versão das fontes não deve funcionar corretamente, então você deve manter a pasta de fontes original.
DICA: É por isso que eu recomendo substituir sudo make install por sudo checkinstall , o que facilita a remoção do arquivo .DEB