Faça o download da libxml2 para o seu sistema:
wget http://centos.mirrors.ovh.net/ftp.centos.org/7.2.1511/updates/x86_64/Packages/libxml2-2.9.1-6.el7_2.3.x86_64.rpm
Reinstale o pacote libxml2 com o RPM
rpm -Uvh --force libxml2-2.9.1-6.el7_2.3.x86_64.rpm
Por fim, tente reinstalar o pacote (para garantir a versão correta) usando o yum.
yum reinstall libxml2
Se você continuar recebendo erros, parece que houve algum dano subjacente no sistema de arquivos ou o dispositivo de bloco subjacente na máquina virtual é thin provisioned sem espaço suficiente no sistema de arquivos no hypervisor para suportar esse espaço.