Como você observou, a chave privada deve estar em um arquivo próprio usado com SSLCertificateKeyFile
.
Presumivelmente, os múltiplos certificados são certificados intermediários (talvez também o certificado raiz?) além do seu próprio certificado.
SSLCertificateFile
requer pelo menos o certificado da entidade final, mas você pode (e deve, quando aplicável) também fornecer quaisquer certificados intermediários no mesmo arquivo.
Como indicado na documentação, estes devem ser ordenados corretamente:
The files may also include intermediate CA certificates, sorted from leaf to root.
Você provavelmente desejará inspecionar os certificados para certificar-se de qual é qual, então concatená-los e fornecê-los para SSLCertificateFile
.