O Google oferece o Container-Optimized OS, que é otimizado para executar contêineres do Docker, no entanto, isso ainda está em fase Beta. Mais informações sobre o assunto podem ser encontradas neste artigo da Central de Ajuda.
No entanto, para os limites de uso do Cloud Shell, como Carlos mencionou no comentário, a seguinte documentação explica os limites de uso, mas não fornecem um limite específico, e se sua sessão for encerrada ou não puder ser estabelecida porque você excedeu um limite de serviço, o Cloud Shell exibirá um erro com um link para um formulário que permite recorrer da violação de limite. Clique no link de feedback e envie o formulário com mais informações sobre as tarefas que você estava realizando antes de sua sessão ser encerrada.