Após investigação, os meta-dados do EC2 mostraram um mapeamento extra efêmero:
$ curl -s http://169.254.169.254/latest/meta-data/block-device-mapping/
ami
ebs1
ephemeral1
Ao ler em Instância Mapeamento de dispositivos de bloco é:
By default, an instance that you launch includes any storage devices specified in the block device mapping of the AMI from which you launched the instance. You can specify changes to the block device mapping for an instance when you launch it, and these updates overwrite or merge with the block device mapping of the AMI.
Visualizando qual mapeamento o AMI tinha e sobrescrevendo o extra com NoDevice na configuração corrigiu o problema para instâncias subseqüentes.